Tuhan Yesus sangat mengasihi Tomas dan sangat mengerti kesulitan Tomas untuk percaya hal-hal supranatural, sebab itu Tuhan Yesus ingin mengajarkan pelajaran yang penting, yaitu bahwa di dalam dunia ini ada-hal-hal lain yang di luar kemampuan manusia untuk mengerti, bahwa logika manusia terbatas, bahwa tidak ada yang mustahil bagi Dia sebab Dia adalah Allah sendiri. Maka secara sengaja Tuhan Yesus datang dengan cara yang persis sama dengan kedatangan-Nya yang pertama, tetapi khusus kali ini untuk menemui Tomas. Kepada Tomas Tuhan Yesus langsung menegur ketidak percayaannya. Bagi Tomas ini suatu hal yang sangat mengejutkan karena ternyata Tuhan Yesus tahu persis semua yang dikatakannya kepada teman-temannya. Bahkan seluruh isi hatinya Tuhan tahu persis (Yoh 20:27). Maka keluarlah dari mulutnya suatu pengakuan yang luar biasa, yaitu Tomas memanggil Tuhan Yesus sebagai Tuhan dan Allah (Yoh 20:28).